Résumé:

Rokoujo Miharu est un garçon comme les autres sauf qu'il est d'une nature trés calme et peu energique , son passé lui est inconnue , il ne cherche pourtant pas à la retrouver , tout ce qu'il désir c'est vivre paisiblement . Mais il a une technique secrete et trés puissante appelé "shinrabansho", convoité par de dangereux  ninjas , ce qui va donc mettre un terme à sa vie tranquile.

Kouichi Aizawa cree un club ninja dans le proffeseur Koumohira est respensable , tous deux sont des ninja qui cherchent à proteger Miharu des menaces qui pèsent sur lui. Ils lui force à faire parti du club ninja pour qu'ils apprene à mieux se deffendre afin qu'il deviene le roi de Nabari , le monde ninja . Malheuresement de nombreux clans ninjas existent et veulent le pouvoir de Miharu.